图解：如何在NCBI上找到具体一个基因第N个外显子的序列,以EML4基因为例

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图解：如何在NCBI上找到具体一个基因第N个外显子的序列,以EML4基因为例

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一个基因包括外显子和内含子部分，有时候我们需要了解基因包含的具体外显子位置信息。确定的方法有很多种，比如NCBI、USUC和Blast等。这里我们用NCBI的方法找到一个基因的外显子序列。首先打开NCBI网站，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, 1.png

选择“gene”数据框，搜索框内敲入基因名字“EML4”。

2.png

在“search results”页面会出现多个结果，我们选择后面括号注明是Homo sapiens的选项。

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打开界面，可以看到EML4基因的summary信息。包括基因的全名，曾用名，基因名会随着版本的升级而变化，每个基因名对应一个GeneID,这个ID是唯一的。

4.png 往下面看，在基因的regions，transcripts and products界面内，可以看到这个基因的mrna和编码蛋白的编号.NM_开头的序列都是Mrna序列。记住这个Mrna的编号。 5.png 6.png 接下来介绍一个线上的软件，Splign，网址是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/splign/splign.cgi?textpage=online&level=form 6.9.png

可以用Mrna或EST序列与所在的基因组序列比对，可以显示基因的结构。比对结果显示EML4有22个外显子，有对应的基因组比对的序列，明确外显子在Mrna序列上的区域。

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